汇总丨呼吸道病毒检测方法宁波海尔施基因科技有限公司-九游会登录网址

news center

汇总丨呼吸道病毒检测方法
2017-01-23


常见的呼吸道感染病毒包括:流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、人偏肺病毒、冠状病毒、博卡病毒……患有严重疾病的患者通常需要实验室诊断,并且要求测试必须快速可靠,这对患者护理和管理非常重要。现在我们把常见的几种呼吸道病毒检测方法从灵敏度、特异性、时间等方面进行汇总。



用于诊断主要人类呼吸道病毒的实验室方法



呼吸道病毒的检测方法


1.

>>>病毒培养<<<

一般来说,基于培养物的测定具有中等的灵敏度,用于病毒分离的细胞培养系统的使用频率和相对重要性多年来稳步下降,因为更快速和有效的分子检测方法已经被许多实验室引入和采用[1]。因此,病毒培养被认为不再适用或不再完全适合于患者护理环境中的常规诊断使用。


常规管培养

常规管培养系统长期以来一直是诊断病毒学的基础并且已广泛用于呼吸道病毒的分离。

优点:常规的管培养物被认为是全面的,并且能够分离宽范围的病毒和检测来自给定临床标本的意想不到的病毒。

缺点:耗时长,通常花费许多天至数周来获得最终结果,从而对临床决策制定具有有限的影响。


离心辅助快速培养

快速培养最初设计成减少检测培养物中病毒所需的时间和精力,并且许多实验室自此用这些培养系统代替了它们的常规管培养物。该方法已被应用于更快速地检测呼吸道病毒如呼吸道合胞病毒、甲流、乙流、副流感、腺病毒和偏肺病毒等。

优点:比常规管培养物相比,能在更短的时间内获得结果,在24小时至48小时内检测到大多数病毒,但对于一些呼吸道病毒可能需要长达3至5天。

缺点:只能寻找目的病毒,并且一次只能检测一种或几种病毒。此外,这种类型的培养物通常比常规管培养系统更不敏感,受试剂的质量和可用性的限制,并且与常规管培养物相似,涉及需要不同细胞系的组合用于最大检测,并且需要相当多的时间、劳动力和专业知识来执行。


2.

>>>抗原检测<<<

用于检测某种呼吸道病毒,并且所有或一些测定法常规地用于大多数临床实验室中。

优点:快速、相对便宜,操作简单,不同于基于培养的系统,不需要对活的病毒进行检测。

缺点:灵敏度和特异性不稳定,高度依赖于患者的年龄、待检测的病毒、测试形式和样本的质量。不如病毒培养系统精确,并且比分子扩增技术敏感性差得多。只能鉴定特定病毒。此外,由于病毒的血清型数目和可以在所有病毒类型中检测到的共同抗原的总体缺乏,抗原检测分析不可常规地用于检测鼻病毒和冠状病毒。


免疫荧光法(if)

if试验多年来已经广泛用于呼吸道分泌物中收集的呼吸道病毒(感染剥落上皮细胞中)的直接可视化,所述呼吸道分泌物应用于显微镜载玻片。

优点:容易评估标本的质量,并且可以根据可用抗体的数目筛选多种感兴趣的病毒标本。

缺点:需要if显微镜和需要高水平的专业技术来阅读和解释结果。

另外,由于缺乏合适的试剂,该方法不适用于由鼻病毒或冠状病毒引起的病毒性呼吸道感染。 通常,if的灵敏度为约50%~90%,有可能因病毒和抗体制备而更低;特异性> 90%[2]。


固相免疫测定

快速和不太复杂的固相免疫测定也可以用于检测来自临床标本的呼吸道病毒抗原。许多商业快速抗原检测(radt)可以在15到30分钟内分批完成或一次完成一个,除了少数之外,不需要专门的设备,是呼吸道合胞病毒和流感病毒最常用的诊断测试之一。

优点:执行简单、相对便宜,特异性良好。

缺点:仅可用于呼吸道合胞病毒和流感病毒。不够灵敏,在诊断病毒学实验室中提供的所有直接检测测试中产生许多假阴性和假阳性结果。


3.

>>>核酸扩增<<<

rt-pcr和其他核酸扩增试验已被多次证实对呼吸道病毒感染的检测和鉴定具有高度灵敏性和特异性,并且基于分子的测试现在被认为是新的参考标准[3]。这些测试被判断为比任何组合的病毒培养和基于抗原的测试更好,不受所测试的患者群体影响结果;可以容易地检测共感染和定量样本中的病毒量。


实时rt-pcr

这是目前用于检测呼吸道rna病毒的最优选和广泛使用的分子方法。

优点:可重复性,易于使用,以及其在扩增产物的识别和定量中的总体准确性和简单性高。结果可以在数小时或更短时间内产生,并且使用封闭系统大大降低了扩增污染的风险。与使用更传统的方法相比,可以检测更广泛的病毒,并且容易与非病毒性病原(可鉴定呼吸道疾病)组合。

缺点:通量不高。


多重检测

多重检测广泛用于日常临床实验室实践中,检测呼吸道病毒和细菌病原体。使用液相和固相微阵列、生物传感器技术,可以在多重pcr反应后同时评估许多遗传靶标,检测各种基因型和遗传变异,并筛选抗病毒抗性基因,部分检测已经商业化。

优点:检测范围广,快速,使用方便,通量大。

缺点:只能鉴定目标病原体。

多重rt-pcr与基于毛细管电泳的片段分析技术结合的新一代片段分析技术(advanced fragmant analysis, afa)可用于同时检测13种常见的呼吸道病毒及肺炎支原体、衣原体。该技术具有高灵敏度、高特异性、高通量、稳定、操作便捷等特点,一个工作日可完成多达192个临床标本的检测,适用于鼻咽拭子、痰液、肺泡盥洗液,用于非细菌性呼吸道感染的病原体筛查。


基于核酸序列非依赖性扩增的二代测序

与二代测序技术和生物信息学分析相结合的核酸序列非依赖性扩增,是一种在临床和公共卫生中鉴定病原体的非常有前途的技术。它允许同时鉴别数百种不同的已知病原体,以及常规测试无法鉴别的新型病原体。然而,其常规使用的主要障碍包括成本、周转时间和灵敏度,因为检测限取决于病毒载量、宿主遗传物质和测序深度。

优点:获取病毒的分型信息和鉴定新型病原体。

缺点:灵敏度和特异性比实时rt-pcr检测低[4,5]。

通常认为,该技术不会很快用于临床诊断[6]。但考虑到能够降低成本,产生更多输出数据,该方法对于未来在临床和公共卫生中的病毒诊断仍然是受关注的,不过是在实时rt-pcr的筛选结果为阴性时。


4.

>>>血清学测试<<<

整体上,使用血清学方法来测试病毒特异性抗体通常不能用于诊断急性呼吸道rna病毒感染。呼吸道病毒的血清学检测主要用于研究流行病学,以便于爆发的调查,提供社区感染的监测,并分析免疫接种疫苗的反应。

综合各方面性能,快速灵敏的 核酸扩增检测 是优选的方法。

如果在机构内不能使用分子方法,则推荐呼吸道合胞病毒和流感病毒的radt、最常见的呼吸道病毒的荧光测试和尽可能全面的病毒培养系统的某些组合,使测试的灵敏度得到最大化。但即使这样,假阴性结果也会频繁发生,因此许多呼吸道病毒还需使用分子检测方法来鉴定。


参考文献

1      hodinka rl. point: is the era of viralculture over in the clinical microbiology laboratory? j clin microbiol. 2013jan;51(1):2-4

2      henrichson kj. advances in thelaboratory diagnosis of viral respiratory disease. pediatr infect dis j. 2004jan;23(1 suppl):s6-10

3      buller rs. molecular detection ofrespiratory viruses. clin lab med. 2013 sep;33(3):439-60

4      prachayangprecha s, schapendonk cm,koopmans mp, et al. exploring the potential of next-generation sequencing indetection of respiratory viruses. j clin microbiol. 2014 oct;52(10):3722-30

5   thorburn f, bennett s, modha s, et al. theuse of next generation sequencing in the diagnosis and typing of respiratoryinfections. j clin virol. 2015 aug;69:96-100

6      lecuit m and eloit m. the diagnosis ofinfectious diseases by whole genome next generation sequencing: a new era isopening. front cell infect microbiol. 2014 mar;4:25



返回列表
返回列表